主要讲bigboss（替身）重建属于自己的私人武装钻石犬和对抗骷髅脸的XOF的故事，该作的核心是“语言寄生虫”，和合金装备“撒赫勒猿人”，骷髅脸打算用这种超级武器来消灭世界上的敌对势力，主角则要破坏他的阴谋。。。
合金装备5结局？《合金装备5：幻痛》有多个结局。主要结局是“真结局”，揭示了主角“蛇”实际上是Big Boss的复制人物，他最终与Big Boss合作，建立了“外国人武装力量”组织。
另外，还有“假结局”，揭示了整个游戏实际上是一个虚拟现实的幻觉，主角实际上是被困在一个被控制的梦境中。这些结局都涉及到复杂的剧情和角色发展，给玩家带来了深刻的思考和情感冲击。
《合金装备5》的结局充满了悬念和震惊。最终的真相揭示了大反派“零”和主角“蛇”之间的复杂关系，以及他们之间的共同过去。
在最后的决战中，蛇最终战胜了零，并揭示了自己真正的身份，他是零的过去。
结局也暗示了一个新的开始，蛇和他的伙伴们将继续战斗，为了自由和公正，他们将继续前进。
